Endelave indvinder vand fra et stort areal på den østlige del af øen, se figur 1 og 2. Selve boringerne ligger nord for Louisenlund gods. 

Fig.1 Sårbarhed og indvindingsopland

Endelaves grundvand er begrænset. Dels regner det mindre end i land, så grundvandsdannelsen er mindre. Dels ligger det ferske grundvand som en "pude" ovenpå underliggende saltvand, og for ikke at trække saltvand med ind, er boringerne kun 20 meter dybe, se figur 3. I land er de ofte 100 meter dybe.

Grundvandsreservoiret er også meget sårbart, da ler-beskyttelsen oven over grundvandet kun er 0-5 meter. Da der ikke findes ikke grundvand andre steder på øen, må der trækkes en dyr landledning, hvis vandet forurenes. Figur 4 viser et tværsnit gennem jordlagene i grundvandsreservoiret. Man kan se, at det øvre og nedre vandførende sandlag er forbundne i den nordvestlige ende mod Flasken, hvilket er rigtigt dårligt. Man ser også, at det øverste, forureningsstandsende lerlags tykkelse blot er 0-5 meter.

Drikkevandskvaliteten måles af SAMN månedligt for basisparametre og årligt for en lang række supplerende parametre. Vandkvaliteten er stadig god. Men analyserne viser klare tegn på, at et uacceptabelt gennembrud af nitrat til boringerne vil ske, hvis der ikke handles snart. Horsens kommune ønsker at fremtidssikre øens vandforsyning som en højprioriteret hasteopgave, så nu går kommunen i gang.

Problemerne er beskrevet i Endelave Helhedsplan 2020 side 32. og mere detaljeret i Horsens Kommuneplan 2021 side 331-336.

Man kan se SAMN analysedata. (fx. feb. 2021) og GEUS-Jupiter boringsdatabase her. Ønsker man både et historisk og nutidigt indblik i øens vandforsyning, kan man læse Anders Grosens to artikler i Endelavebladet: nr. 1 og nr. 2.

Figur 2: indvindingsopland og boringer

Figur 3: Risiko for oppumpning af saltvand

Figur 4: profil gennem jordlagene. Der er næsten ingen lerbeskyttelse

Vejle Amt søgte fra 1999, at få Horsens Kommune til at sikre en effektiv håndtering af spildevand fra øen, men kommunen prøvede på mange måder at slippe billigst muligt fra amtets pålæg. Kommunen mente, at kloak problemerne bedst kunne løses ved at forlænge de to eksisterende udløbsrør med spildevand fra byen 300 m mod nord. Det afviste amtet klart.

Horsens Kommune blev tvunget først af Vejle Amt og senere af Miljøklagenævnet i dec. 2007 til at opføre et moderne rensningsanlæg på Endelave, som blev taget i brug i september 2013.

Horsens Kommunes Spildevandsplan 2012-2015 blev vedtaget af Horsens Byråd aug. 2012 og omfattede opførelse af renseanlægget i 2012 (6,6 mill. kr.), kloakering af hele øen på nær sommerhusområdet Lynger i 2011-12 (12 mill. kr.) og kloakering af sommerhusområdet i 2013-2016 (5 mill. kr.). I aug. 2016 vedtog Horsens Byråd Tillæg nr. 16 til Horsens Kommunes Spildevandsplan, der aflyste kloakeringen af sommerhusområdet. Det blev begrundet med, at ”det ikke vil give nævneværdige miljømæssige gevinster, herunder grundvandsressourcer og overfladevand. Og slet ikke gevinster, der står mål med udgifterne.”

Resultatet blev, at sommerhusområdet fortsat afleder husspildevand til septiktank og afløb til nedsivning. Der ligger et omfangsdræn rundt om selve sommerhusområdet Lynger mod nord, som leder spildevand fra sommerhusene mod havet og desuden en stor afvandingsgrøft, der løber tværs over øen fra kyst til kyst til dels langs vejen Lynger. Det giver en vis beskyttelse af drikkevandsboringerne mod forurening fra sommerhusområdet.

Vejle Amts Jord- og Grundvandsafdelingen modtog i december 2002 fra Afdelingen for Sediment-Geologi, Geologisk Institut, Aarhus Universitet, en grundig geologisk rapport om sedimentlagene under det centrale Endelave. Amtet modtog også december 2002 fra den rådgivende ingeniørselskab Carl Bro en indgående undersøgelse af Endelaves grundvandsforhold ”Grundvandsundersøgelse på Endelave”. I disse undersøgelser nævnes intet om evt. farer for indvinding af drikkevand på grund af nedsivningsanlæg i sommerhusområdet Lynger.

I 2004 udarbejdede Vejle Amt og Horsens Kommune i fællesskab en ”Indsatsplan for Endelave - Plan for fremtidssikring af vandforsyningen på Endelave”. Her står følgende: ”I 1980 blev det besluttet, at der skulle etableres nedsivningsanlæg ved alle sommerhusene ved ”Lynger”. Området ligger ca. 1 km sydvest for kildepladen til vandværket, og for at beskytte kildepladsen blev det besluttet, at der skulle etableres en drænledning som afskærmning. Det vurderes ikke, at nedsivningsanlæggene ved Lynger udgør en risiko for vandværkets indvinding.”